En 1939 la France compte 64 sous-marins répartis dans les ports militaires français et de l'Empire colonial en Afrique du Nord, Afrique et ceux du Sud-Est asiatique. Lors de l'entrée en guerre, la plus grande concentration de sous-marins de Type « 1 500 » est positionnée en Atlantique. L'armistice est signé à Rethondes les 21 et 22 juin. Le 28 septembre le sous-marin Le Poncelet capture le Chemnitz, un navire de commerce allemand d'une capacité de 5 900 tonnes, au large de l'Espagne dans l'Atlantique. Lors de l'occupation allemande, les ports de guerre de la façade atlantique, Cherbourg, Brest, Lorient, Saint-Nazaire, La Palice passent dans le giron allemand et vont abriter les U-bootewaffe. Une centaine de bâtiments français se sabordent.

Le Tonnant (Q172) est un sous-marin océanique de « 1 500 tonnes » type M6 classe Pascal à double coque et il représente le plus grand groupe en service dans la Marine française pendant la Seconde Guerre mondiale. Le Tonnant, construit par les Forges et chantiers de la Méditerranée à La Seyne entre 1927 et 1935, mis en service le 1 juillet 1937, il mesure 92,30 mètres de long, 4,70 au maître-bau (plus grande largeur), tirant-d'eau 4,70 m, hauteur 8,2 mètres (coque et kiosque), déplacement 1 572 tonnes en surface et 2 084 tonnes en plongée, propulsion deux moteurs Diesel de 7 200 CV et 95 tonnes de Gasoil, deux moteurs électriques de 2 000 CV alimentés par 320 batteries de 630 kg, deux hélices à trois pales. Vitesse 19 nœuds en surface et 10 en plongée. Plonge en moins d'une minute, immersion max 80 mètres, immersion critique 120 m. Il peut parcourir 10 000 nautiques en surface à 10 nœuds, 100 nautiques en plongée à 5 nœuds. Les effectifs 4 officiers, 16 Officiers-mariniers et 47 hommes d'équipages ; maximum 73 personnes. Immersion périscopique 15 mètres, immersion de combat 30 mètres. Armement : 4 tubes lance-torpilles de 550 mm à la proue, 3 tubes de 550 mm sur affût mobile à l'extérieur du kiosque, 2 tubes de 550 mm et 2 de 400 mm en tourelle arrière, 3 tubes de 400 mm à la poupe, 1 canon de 100 mm (modèle 1929), 2 mitrailleuses de 13,2 mm CAA et emporte 32 mines.

Le Tonnant basé à Toulon au sein de la 1re division de sous-marins de la 3e escadre sous-marine est de retour d'Indochine française le 15 décembre 1938. Il assure des patrouilles en Méditerranée au large de l’Espagne, du Maroc, de la Tunisie, de la Sardaigne et dans le détroit de Gibraltar de septembre 1939 à juin 1940 en prévision d'une invasion italienne. Le 10 juin 1940 l’Italie déclare la guerre à la France. Fin juin, le Tonnant rôde aux abords des Salins d’Hyères pour protéger le port de Toulon. L’armistice est conclue avec l'Allemagne le 22 juin 1940 et avec l’Italie le 24 juin.

Le 3 juillet 1940 les Britanniques lancent l‘Opération Catapult, « la saisie simultanée, la prise sous contrôle, la mise hors de combat définitive ou la destruction de tous les bâtiments français susceptibles d’être atteints » et s’emparent des navires français réfugiés en Angleterre, parmi ceux-ci le sous-marin Surcouf. Les sous-marins Rubis, Narval, Minerve, et de la Junon vont rejoindre les Forces navales françaises libres. Du 3 au 6 juillet la Royal Navy attaque l'escadre de la Marine nationale française dans le port militaire de Mers-el-Kébir (Algérie). Les pertes humaines françaises s'élèvent à 1 295 tués et les bâtiments : Persée, Poncelet, Ajax sont perdus. Le 7, les Britanniques attaquent la flotte à Dakar tuant 203 hommes et faisant 393 blessés français. La « neutralisation pacifique » de la flotte française aux Antilles s'ensuit. Le Tonnant intègre les forces navales de Vichy au mois d'août. Le 25 septembre 1940, le Béveziers, commandé par le Capitaine de Corvette Lancelot, endommage sérieusement le cuirassé anglais Resolution un bâtiment de 29 150 tonnes.

Le Protocole de Paris signé entre l’État français et le Troisième Reich au mois de mai 1941 prévoit la mise à la disposition de l’Allemagne du port de Dakar (Sénégal), et l’affectation de cinq sous-marins, cinq contre-torpilleurs, onze torpilleurs, croiseurs, un cuirassé et un porte-aéronefs afin d’en assurer la protection. Le Tonnant désarmé au mois d'avril 1941 est réarmé au mois de Juillet. Il rejoint Casablanca avant d'être affecté au mois de novembre 1941 à Dakar.

Le Tonnant est de retour à Casablanca au sein de la 4e division de sous-marins au mois de septembre 1942. Le Béveziers, le Héros et le Monge ont été coulés lors de l'attaque anglaise contre Madagascar (entre mai et septembre 1942). Le 8 novembre les Américains lancent l'Opération Torch, un débarquement allié en Afrique du Nord pour y installer une tête de pont en préparation des futurs débarquements en Italie et en France. Le Maroc, l’Algérie et la Tunisie relèvent de l’autorité du gouvernement de Vichy. L'accord donné aux alliés par l’Amiral Darlan est prétexte à l'occupation de la zone sud (opération Attila).

Le bombardement américain tue le commandant Paumier, deux quartiers-maîtres et fait six blessés graves et treize blessés légers. L'officier en second, le lieutenant de vaisseau Antoine Corre prend le commandement. Les ordres reçus de Vichy précisent que le Tonnant doit soit rallier Toulon, un port neutre ou se saborder. Son commandant décide d'appareiller pour Toulon en compagnie de trois officiers et d'une trentaine de marins dont sept sont blessés, tous volontaires. Le 10 novembre le Tonnant lance une gerbe de 4 torpilles sur le porte-avions USS Ranger qui parvient à les éviter. Le Tonnant grenadé par les destroyers américains parvient à s’échapper. A 21 h 20 le commandant reçoit un message lui ordonnant de rallier Casablanca. Deux jours plus tard le Tonnant est attaqué en surface par un hydravion à 12 h 25. Le sous-marin plonge et refait surface à 18 h 30, sept ballasts crevés et son réservoir de gazole fuit, Le sous-marin qui gîte par bâbord est dans l'incapacité de rejoindre Toulon ou Casablanca. Le LV Corre décide de rallier Cadix (l'Espagne est pays neutre), sa demande d'asile dans ce port est rejetée. Le 15 novembre, une partie de l'équipage est débarqué à 08 heures. Le Tonnant reprend la mer aux moteurs électriques avec son commandant, un enseigne de vaisseau, deux seconds-maîtres et deux quartiers-maîtres, équipage suffisant pour manœuvrer le sous-marin. Le Tonnant stoppe à ligne de sonde des cinquante mètres marquant peu ou prou la limite des eaux territoriales face à l'embouchure du Guadalquivir au nord de Cadix et à proximité d'un bateau de pêche espagnol. Le commandant ordonne l'ouverture des purges de ballasts, des caisses de plongée et les prises d'eau des régleurs à 11 h 02, le Tonnant disparaît quelques minutes plus tard. L'équipage recueilli par le bateau de pêche est débarqué à Cadix et interné à La Caracca, plusieurs marins se verront décerner la médaille des évadés. L'opération Torch fit 800 victime parmi les équipages de la flotte.

Le 19 novembre Hitler ordonne l'opération « Lila », la capture de la flotte française regroupée à Toulon (accords d’Alexandrie). Celle-ci est composée des forces de haute mer commandées par l'Amiral Jean de la Laborde, des bâtiments armés de la Préfecture maritime supervisé par l'amiral André Marquis, et des bâtiments en gardiennage d'armistice, soit un total de 87 unités dont douze sous-marins. Les forces de haute mer représentent un quart du tonnage des navires de combat français encore à flot.

L'arsenal est envahi le 27 novembre par les pionniers allemands (sapeurs du génie). A 5 h 20 les feux du Strasbourg transmettent l'ordre du sabordage aussitôt relayé par tous les bâtiments de la flotte. Incendies et explosions durent deux jours ; les sous-marins : Argo - Archimède - Centaure - Glorieux - Casabianca - Marsouin sont parvenus à s'échapper. Le Glorieux à rejoint Oran, le Casabianca et le Marsouin Alger, l'Iris à court de gazole se réfugie à Barcelone où il restera jusqu’à la fin de la guerre. Les sous-marins : Vengeur - Redoutable - Pascal - Poincaré - Achéron, Espoir - Fresnel se sont sabordés. Au sortir de la Seconde Guerre mondiale, la Royale a perdu 100 000 tonnes coulées lors des combats contre l'Axe, 240 000 tonnes sabordées à Toulon (27/11/42), et 100 000 tonnes perdues sur un total de 750 000 tonnes (1939). Toute la flotte française est à reconstruire.